实验室检查包括直接镜检法和培养法，病理学方法，血清学方法和分子生物学方法等。

1.直接镜检

根据感染累及的部位不同采取不同标本，制作氢氧化钾湿推片，或涂片革兰染色置显微镜下检查，阳性者可见大量的球状出芽酵母菌型和假菌丝存在，有诊断价值。

2.真菌培养

涂片检查阴性的患者，可进行念珠菌培养。培养检查法可进一步提高病原体检出的阳性率，验证直接镜检的结果，同时确定致病菌的种类。

3.组织病理

怀疑有念珠菌食管炎的患者，则不仅应做内镜刷取标本检查，同时应做活检,以进一步从组织病理学查找念珠菌侵袭黏膜的证据。

深部念珠菌的组织反应不具特征性。一般呈急性化脓或坏死，可有多个脓肿或微小脓肿，内含大量中性粒细胞、假菌丝和芽胞。组织中的假菌丝和芽胞是深部念珠菌病的确诊证据。