穿刺失败

在手术的过程中可能会因为准妈妈自身的原因，如腹部及子宫的异常或者是腹中羊水较少以及胎盘位置处于前壁等导致手术失败。

难以确诊

虽然该手术对产前诊断很有帮助，但由于医学科技的限制，对羊水所做的各种分析不一定能够准确地做出产前判断，因此该方法需要其他相关的项目来辅助诊断。

宫内感染

如果手术前准妈妈有被感染的机率或者是在做完羊水穿刺术后没能及时地做好清洁、卫生的工作，那么就会有宫内感染的现象出现。

如果孕妇有合并心脑血管疾病，则会因为术中的疼痛或紧张等刺激，而致使心脑血管出现不测。

羊水培养失败

羊水培养并非有百分百的成功率，它会受各种因素的影响，比如穿刺术的时间长短，培养基及标本异常等。

孕妇出血及伤及胎儿

该手术使用的工具是细针，它要穿进准妈妈的羊膜腔，在此过程中可能对母体以及腹中的胎儿有一定的危险性，比如女性出血甚至休克，致使术后流产以及危及胎儿等。

不能完全排除一些畸形儿

羊水穿刺术并不能完全可以将畸形儿筛查出来。该技术可以用于诊断一些因染色体不正常而致的病情，但是并不能完全发觉染色体微小的异样，而且也不能诊断出一些多基因病或别的因素而引起的胎儿畸形。

非人为因素导致的羊水培养失败

因一些无法控制的原因，比如突然间断电、地震等自然灾害或者是医用设施等不健全而使羊水培养受到阻扰。